Ayaka: A Story of Yanagi Yukito adalah seorang yatim piatu yang suatu hari bertemu dengan murid ayahnya yang eksentrik. Pria aneh itu membawanya ke tempat kelahirannya di Ayakajima, yang terdiri dari tujuh pulau tempat makhluk misterius yang disebut "Mitama" dan naga dikabarkan tinggal. Di sana, Yukito bertemu dengan dua murid ayahnya yang lain, yang melindungi keharmonisan Ayakajima... yang segera terancam runtuh.
